À l’avènement du christianisme dans la région, aux alentours du ive siècle, le Mont Tombe fait partie du diocèse d’Avranches, dont les limites correspondent avec l'ancien territoire des Abrincates. Au milieu du vie siècle, le christianisme s’implante véritablement dans la baie. À cette époque, le Mont Tombe offre un abri à de pieux solitaires, ermites (probablement des moines celtes) approvisionnés par le curé d’Astériac (commune de Beauvoir), qui veillent sur le site et mènent une vie contemplative autour d'oratoires. Les ermites Saint Pair et saint Seubilion en fondent un dédié au premier martyr chrétien, saint Étienne, élevé à mi-hauteur du rocher et un second en l’honneur du premier martyr d'Autun, saint Symphorien, élevé au pied du rocher
Le Mont-Saint-Michel quitte, en 710, son appellation de « Mont-Tombe » pour prendre celui de « Mont-Saint-Michel-au-péril-de-la-Mer » à la suite de l’édification, par l’évêque saint Aubert d’Avranches, d’un oratoire dédié à l’archange saint Michel en 708. Aubert aurait reçu, au cours de son sommeil, trois fois l’ordre de Saint-Michel de faire ériger sur le Mont-Tombe un oratoire. L’archange aurait laissé la trace de son doigt sur le crâne d’Aubert. Ce crâne repose dans la basilique Saint-Gervais d'Avranches et porte les traces d’un tel stigmate.